Jernej Habjan se ukvarja s koncepcijami literature v sodobni kritični teoriji, v raziskavah svetovne literature in v teoriji govornih dejanj.
Ur.: May ’68 at 50: Politics and Literature (= Interventions 23.3 /2021/).
Ordinary Literature Philosophy: Lacanian Literary Performatives between Austin and Rancière. London: Bloomsbury Academic, 2020.
Sour. (s Fabienne Imlinger): Globalizing Literary Genres. New York: Routledge, 2016.
Ur.: Močnik, Rastko. Potepuški spisi: od Prešerna do Ricarda. Prev. Sašo Furlan. Ljubljana: Cankarjeva založba, 2016.
Ur.: Novel beyond Nation (= Canadian Review of Comparative Literature / Revue canadienne de littérature comparée 42.4 /2015/).
Literatura med dekonstrukcijo in teorijo. Ljubljana: Založba /*cf., 2014.
Sour. (z Jessico Whyte): (Mis)readings of Marx in Continental Philosophy. Basingstoke: Palgrave Macmillan, 2014.
Ur.: Diskurz: od filozofije govorice do teorije ideologije. Ljubljana: Pedagoški inštitut, 2012.
Janus, Prokrust, Bahtin: kvadratura Bahtinovega kroga. Ljubljana: LUD Literatura, 2008.
Prvi slovenski roman in literarni svetovni-sistem. Slavistična revija 62.4 (2014): 569–577.
Kulturalistična ideologija v literarni teoriji: od »kritične« teorije performativa do »topične« koncepcije performativnosti. Primerjalna književnost 35.2 (2012): 107–119.
Estetski režim umetnosti med performativno subverzijo in transferno transgresijo. Filozofski vestnik 33.1 (2012): 91–100.
Kaj smo hoteli od Derridaja? Problemi 49.5–6 (2011): 161–189.
- Svetovna vojna literatura: zgodovina razprave o svetovni literaturi kot razprave o svetovni vojni (temeljni raziskovalni projekt • 01. julij 2024 - 30. junij 2027)
- Alpinistična literatura: Slovenija in onkraj. Intertekstualnost, intersubjektivnost, internacionalnost (temeljni raziskovalni projekt • 01. julij 2019 - 30. junij 2022)
- Maj 68 v literaturi in teoriji: zadnja sezona modernizma v Franciji, Sloveniji in svetu (temeljni raziskovalni projekt • 01. julij 2018 - 30. junij 2021)
- Struktura in genealogija indiference: logika – epistemologija – ideologija (temeljni raziskovalni projekt • 01. maj 2017 - 30. april 2020)
- Slovenska literatura in družbene spremembe: nacionalna država, demokratizacija in tranzicijska navzkrižja (temeljni raziskovalni projekt • 01. maj 2017 - 30. april 2020)
- Konec zgodovine: dvajset let pozneje. Filozofija – politika – ekonomija (temeljni raziskovalni projekt • 01. julij 2014 - 30. junij 2017)
- Nacionalni pesniki in kulturni svetniki Evrope: komemorativni kulti, kanonizacija in kulturni spomin (temeljni raziskovalni projekt • 01. oktober 2014 - 30. september 2017)
- Zafrkantski odnosi v prestolnicah moderne: strici in nečaki pri Diderotu, Marxu, Althusserju, Millerju in Bernhardu (podoktorski raziskovalni projekt • 01. marec 2015 - 30. junij 2015)
- Prostor slovenske literarne kulture: literarna zgodovina in prostorska analiza z geografskim informacijskim sistemom (temeljni raziskovalni projekt • 01. julij 2011 - 30. junij 2014)
- Svetovna književnost kot presek globalizacije in književnosti: primer pariškega toposa stricev in nečakov (podoktorski raziskovalni projekt • 01. april 2012 - 31. marec 2014)
- »Slovenska« svetovna književnost: umeščanje svetovne književnosti v nacionalni literarni sistem (temeljni raziskovalni projekt • 01. maj 2010 - 30. april 2013)
- Podiplomska šola ZRC SAZU, program Primerjalni študij idej in kultur, modul Literatura v kontekstu, predmet Teorija diskurza in literatura
- Univerza v Mariboru, Filozofska fakulteta, Oddelek za slovanske jezike in književnosti, predmet Znanstvenoraziskovalne metode 3
- Odlični v znanosti, ARRS (2021)